三代试管婴儿囊胚筛选的风险有染色体异常的漏诊或误诊、对健康胚胎的破坏、遗传疾病无法完全排除、心理压力和道德困境等等。虽然在第三代试管中，囊胚在被送检进行染色体筛查时，受到损伤、破坏的概率极小，但是对染色体异常不是能百分百的筛查出来，很有可能导致移植后胚胎不能正常发育，也不能完全排除先天缺陷的风险。
三代试管囊胚筛选的风险
三代试管婴儿囊胚筛查是指在囊胚期对胚胎进行遗传学筛查，以选择健康的胚胎植入母体，从而提高试管婴儿的成功率。然而，囊胚筛查也存在一定的风险，包括：
染色体异常的漏诊或误诊
三代试管囊胚筛查主要通过提取胚胎细胞进行基因检测，以发现染色体异常。然而由于技术限制或其他原因，可能会出现染色体异常的漏诊或误诊情况。这意味着筛查结果可能会有误差。
对健康胚胎的破坏
为了进行基因检测，需要从早期胚胎中提取细胞样本。这个过程可能对健康的胚胎造成损伤，并导致其无法继续发育，从而减少了成功妊娠的机会。
遗传疾病无法完全排除
尽管三代试管囊胚筛查可以检测常见的染色体异常，但它并不能完全排除所有遗传疾病的风险。一些罕见的遗传疾病可能无法通过筛查被发现，因此夫妇仍然需要进行额外的遗传咨询和检测。
心理压力和道德困境
对于夫妇来说，经历三代试管囊胚筛查过程可能会带来心理压力和道德困境。他们需要面对选择是否继续进行胚胎的基因检测以及是否选择中断染色体异常胚胎的艰难决定。